Les structures de mission sont celles créées pour exécuter les missions conjoncturelles ou temporaires du département. Les structures de mission du Ministère des Transports, de la Mobilité Urbaine et de la Sécurité Routière sont :

• le Comité ministériel de Lutte contre le SIDA et les Infections Sexuellement Transmissibles (CMLS-IST) ;
• la Cellule pour la Promotion du Genre (CPG) ;
• le Programme de Transport en Milieu Rural (PTMR) ;
• la Cellule Environnementale (CET).