Les structures centrales comprennent les Directions transversales et les Directions générales. Les Directions transversales sont :

• la Direction de l’Administration des Finances (DAF) ;
• la Direction des Archives et de la Documentation (DAD) ;
• la Direction de la Communication et de la Presse Ministérielle (DCPM) ;
• la Direction des Marchés Publics (DMP) ;
• la Direction des Ressources Humaines (DRH) ;
• la Direction des Services Informatiques (DSI) ;
• la Direction du Développement Institutionnel et de l’innovation (DDII).

Les Directions générales sont :

• la Direction Générale des Etudes et des Statistiques Sectorielles (DGESS) ;
• la Direction Générale des Transports Terrestres et Maritimes (DGTTM) ;
• la Direction Générale de la Météorologie (DGM).